Irmã Amália viveu profundos fenômenos místicos com constantes êxtases e os estigmas que lhe provocaram dores intensas, principalmente de maneira interna.
Desde seus 15 anos de idade ela sentia dores fortíssimas em seu interior em decorrência dos estigmas, tal era a intensidade que a fazia desmaiar de tanta dor, e por vezes ficava imóvel.
As manifestações externas de seus estigmas só passaram a acontecer a partir do dia 21 de agosto de 1928, depois que ela tinha recebido a Sagrada Comunhão na capela do instituto. Irmã Amália recebeu os estigmas da crucifixão e da flagelação de Nosso Senhor e também em sua coxa direita, joelhos, bem como a marca da coroa de espinhos.
Poucos dias se passaram, e seus êxtases também se tornaram públicos. Foi no dia 30 de agosto de 1928 que irmã Amália começou a receber mensagens direcionadas às irmãs de sua congregação como também para os fiéis.
Devido a esses acontecimentos, a fama de mística começou a se propagar muito, então, em 22 de novembro do mesmo ano, o bispo de Campinas, Dom Barreto, fez um pronunciamento oficial falando sobre os estigmas da irmã Amália.
Dom Barreto sempre acreditou nas manifestações místicas que aconteciam com irmã Amália e sempre a defendeu. Ele trabalhou incansavelmente para a propagação da devoção a Nossa Senhora das Lágrimas e, para provar a veracidade de tudo o que acontecia com ela, enviou ao Papa Pio XI um dossiê com uma grande carta que tratava de fatos marcantes da vida da religiosa, além de atestados médicos e fotografias dos estigmas. Dom Barreto era um bispo profundamente obediente à Igreja e, por isso, sempre procurou manter tudo sob o olhar da Cúria Romana.